לשכת המבקרים הפנימיים מתריעה מפני אפשרות פגיעה בעקרון אי התלות של מבקרי הפנים ברשויות המקומיות, כתוצאה מהוראות שני חוזרי מנכ"ל משרד הפנים מהתקופה האחרונה, ואי קביעת תקנות בנושא הביקורת הפנימית ברשויות על ידי שר הפנים.
הלשכה העלתה את הנושא בפורומים שונים, וכן נקבעו דיונים עם בכירי משרד הפנים, לטיפול בנושא. לדברי הלשכה, אי קביעת תקציב המבקר מותירה אותו תלוי בחסדי ראש הרשות במקומית.
עורך הדין מרדכי שנבל, נשיא לשכת המבקרים הפנימיים בישראל, אמר כי חוזרי המנכ"ל פוגעים בעיקרון אי התלות כאשר הם מאפשרים לרשות המקומית לקבוע בעצמה את שכרו ואת תקציבו של מבקר הרשות וכן מאפשרת לה גם לפטרו באמצעות אי חידוש חוזה העסקתו.
בכך,טוען שנבל מונעים ממבקר הפנים ברשות המקומית לבצע את עבודתו כנדרש. לדבריו, "לשכת המבקרים הפנימיים בישראל רואה בחומרה את הפגיעה בעיקרון אי התלות שנגרמת מהוראות חוזר המנכ"ל ויצאה למאבק חסר פשרות לשינויו".