החברות בנייני ישקו מקרקעין ואברהם שגיב הגישו לפני כשנתיים לבית המשפט המחוזי תביעה לקבלת פיצויים על כך שלאחר שרכשו מגרשים מאת המנהל בסכום של כ-24 מיליון ₪ מנע מהם המנהל לממש הפרויקט ודרש מהם כספים שלא כדין. החברות שיוצגו על ידי עוה"ד שמואל שוב והילה לביא ממשרד עוה"ד משה שוב ושות’ הגישו לבית המשפט המחוזי במחוז מרכז, תביעה בסך של 7.7 מיליון ₪.
העילה לתביעת הפיצויים של החברות היו רשלנות ואפליה מצד המינהל אשר דרש מהם שלא כדין תשלום דמי היתר של כ-11 מיליון ₪ בנוסף לתשלומים שכבר שולמו על ידם ברכישת המגרשים.
החברות רכשו במסגרת מכרז של מנהל מקרקעי ישראל שני מגרשים צמודים במערב ראשון לציון.המגרשים יועדו לבניית מבני מסחר (קניון הבאר). לאחר הזכייה במכרז יזמו החברות שינוי בתוכנית בניין העיר בהסכמת הועדה המקומית והעבירו זכויות ממגרש למגרש על מנת ליצור תוכנית יעילה יותר לרווחת התושבים.במסגרת התוכנית לא נוספו להם זכויות בנייה.
במסגרת פסק דין שניתן על ידי בית המשפט העליון (ע.א. 3979/01) כבר הוחלט על ידי בית-המשפט העליון כי דרישת המינהל לדמי היתר הייתה שלא כדין וכי משלא הוספו זכויות הרי שהמינהל לא היה זכאי לקבלת סכום נוסף על זה שכבר שולם. בהתאם לפסק הדין הנ"ל פנו החברות בתביעה נוספת במסגרתה תבעו את הנזקים שנגרמו להם עקב גרירת הרגליים וההתנהלות חסרת תום הלב של המינהל.
בהתאם לפסק הדין שניתן ביום רביעי האחרון בבית המשפט המחוזי (מרכז) פסק כב’ השופט בנימין ארנון כי מינהל מקרקעי ישראל אכן הפר את חוזה הפיתוח עם החברות, פעל שלא בתום לב ובדרך של הכשלת החברות תוך שהתנהל בחוסר תום לב, הסתיר מחברות חומר רלוונטי והתנהל בגרירת רגליים בעניינם.
לאור התנהלות המינהל פסק בית המשפט לחברות בגין אובדן דמי שכירות סך של 5,518,000 ₪ נכון ליום הגשת התביעה, בגין הנזק שנגרם לחברות עקב הארכת תוקפן של ערבויות סך של 138,000 ₪ ושכ"ט עו"ד בסך של 250,000 ש"ח (ת.א. 18096-01-09).