הפסד ההכנסות ממסים ותמלוגים למדינת ישראל עלול להגיע ללמעלה מ-3 מיליארד ₪. זאת במידה והקפריסאים ימשיכו במהלכי הפיתוח וייצוא הגז ממאגר אפרודיטה, תוך התעלמות מחלקה של ישראל במאגר. כך עולה מעבודה כלכלית שהכין ד"ר יהושע הופר. יצוין כי בעלי השליטה בחלקו הקפריסאי של מאגר אפרודיטה, המנהלים את המו"מ למכירת הגז מהמאגר, הינם קבוצת דלק, בשליטת יצחק תשובה ונובל אנרג’י. חברות אלו יהיו הנהנות העיקריות, יחד עם ממשלת קפריסין, ממהלך שכזה.
מאגר הגז אפרודיטה ממוקם על גבול המים הכלכליים שבין ישראל וקפריסין, כשרובו נמצא בתחום הקפריסאי. כמות הגז בחלקו הישראלי של המאגר, המכונה חזקת 370/"ישי" (בשליטת הזדמנות ישראלית, נאממאקס אויל אנד גז, אדן אנרגיה ו- Petroleum Services Holdings AS) מוערכת ע"י משרד האנרגיה ב 7 עד 10 BCM. לשם המחשה יצוין כי צריכת הגז הטבעי של כלל המשק הישראלי עמדה בשנת 2016 על כ-9.7 BCM. כמות הגז בחלקו הקפריסאי של מאגר אפרודיטה, המכונה "בלוק 12", נאמדת בכ-100 BCM. מאחר שהגז שבחזקת ישי מהווה חלק ממאגר גיאולוגי אחד המצוי ברובו בשטח המים הכלכליים של קפריסין הרי שהפקתו תלויה בהסכמות שטרם הושגו בין שתי המדינות.
מעבודה כלכלית שהכין ד"ר יהושע הופר עולה כי הפקת הגז שבחזקת "ישי" צפויה להניב למדינת ישראל תזרימי מזומנים של 840 מליון דולר, בערכים ראליים לא מהוונים, שהם כ-60% מסך הרווחים הצפויים מחזקת "ישי" (Government Take). יתרת התזרימים (40%) תהווה תמורה ליזמים ולמשקיעים, חלקם מקרב הציבור הרחב, עבור השקעותיהם והסיכון שנטלו על עצמם.
ד"ר הופר מציין בעבודתו כי מאחר שהמדינה אינה משתתפת בהשקעות ההקמה, אך נהנית מפירותיהן, ומאחר שמשקלן היחסי של השקעות אלה עולה ככל שעולה שיעור ההיוון (שכן ההשקעות מבוצעות בתחילת התקופה) הרי שחלקה של המדינה בשווי הנוכחי עולה ככל שעולה שיעור ההיוון.
יצוין כי אמידת ההכנסות הצפויות נעשתה תחת אותן ההנחות ששימשו את וועדת ששנסקי ("מאגר ב" בנספח ה’ לדו"ח הוועדה), למעט ההנחה הנוגעת למחיר הגז, שנאמד ב 6 דולר ליחידה, לעומת 4.5 דולר ליחידה בהדמיה של דו"ח ששנסקי - זאת בהתאם לשינויים שחלו בשווקי הגז מאז שוועדת ששנסקי פרסמה את המלצותיה.
כזכור, רק לאחרונה פנו שותפויות חיפושי הנפט המחזיקות בחזקת "ישי" לממונה על ענייני הנפט במשרד האנרגיה, יוסי וירצבורגר, ולשר האנרגיה ד"ר יובל שטייניץ בדרישה לקבל הבהרות אילו פעולות עתידות להינקט על ידי הגורמים הרלוונטיים במדינת ישראל, על מנת להבטיח את זכויותיה של ישראל במאגר "אפרודיטה", כך שקפריסין לא תוכל להתקדם לחתימת הסכם מבלי אישורה של מדינת ישראל. זאת בעקבות הדיווחים על כך שקפריסין נמצאת בשלבי הליכים אחרונים לפני חתימת שורת הסכמים ליצוא גז טבעי ממאגר "אפרודיטה". תגובת משרד האנרגיה לפניה זו, "עמדת ממשלת ישראל היא כי פיתוח המאגר מחייב הסכמה בין הצדדים באשר להבטחת הזכויות של שתי המדינות במאגר, ודיאלוג בנושא מתקיים עם קפריסין".
גם בתגובה שהגיש השר שטייניץ לבית המשפט לעתירת בעלי רישיון "חנה-דולפין" התייחס להבדלים בין רישיון דולפין לבין "ישי" בה מציין השר כי "מאגר ישי מהווה מבחינה גיאולוגית חלק אינטגרלי של מאגר אפרודיטה הכולל כ-125 BCM, באופן ששאיבת הגז באפרודיטה תביא בהכרח לשאיבת הגז גם ממאגר ישי ללא צורך בעריכת קידוחי פיתוח נפרדים".