שפיר הנדסה הודיעה הערב בהמשך לדיווחים על שפיטת המשטרה על החברה, כי החקירה המתנהלת נגד החברה מתמקדת בפרויקט ספציפי שביצעה ברומניה חברה זרה שהיתה במועדים הרלוונטיים בשליטתה. החשדות הנחקרים הם למתן שוחד לעובד ציבור זר בקשר לפרויקט זה. שפיר הפקידה סכום של 50 מיליון ש"ח בקרן חילוט של האפוטרופוס הכללי כערבון.
עוד נודע לחברה כי על חשבונות בנק שונים של החברה ועל נכסים נוספים שונים שלה, כמו גם על חשבונות בנק של חלק מנושאי המשרה שזומנו, הוטלו מגבלות שאינן מאפשרות את השימוש השוטף בהם.
שפיר הנדסה הגיעה להסדר מול משטרת ישראל לפיו הפקידה החברה סכום של 50 מיליון ש"ח בקרן חילוט של האפוטרופוס הכללי לתקופה של 180 ימים, אשר ישמש כערבון למקרה בו תינתן הכרעת דין כנגד החברה בחשדות. כנגד הפקדת הסכום, הוסרו כלל המגבלות שהוטלו על חשבונות הבנק והנכסים.