שר החוץ הקרואטי ועמיתו הישראלי, אביגדור ליברמן, חתמו ביום שני השבוע בירושלים, בין השאר, על הסכם לשיתוף פעולה ולסיוע הדדי בענייני מכס. ההסכם נועד לאתר דרכים להגברת שיתוף הפעולה האופרטיבי והגברת הסחר בין המכסים, ובמסגרתו מתחייבות ישראל וקרואטיה לשתף פעולה במגוון פעילויות לדוגמא: שיתוף ידע ומידע להקלת הסחר, סיוע הדדי בנושאי אכיפה למניעת הברחות ועוד.
ראש מינהל המכס, דורון ארבלי, ציין כי "חתימת הסכם זה, כמו הסכמי מכס רבים שיש לנו עם 57 מדינות וגושי מדינות, צפויה להגביר את יעילות הסחר של חברות ישראליות עם קרואטיה תוך הסרת חסמי סחר מחד ושיפור בפעילויות האכיפה של המכס ורשות המסים מאידך. לפיכך מינהל המכס הישראלי פועל נמרצות לחתום על הסכמי מכס, רבים ככול האפשר, כולל עם מדינות שהיקפי הסחר הנוכחיים עמן לא גדולים. הצפי שעוד השנה יחתמו סכמי סיוע ושיתוף פעולה נוספים" .
בשנת 2009 עמד הסחר של קרואטיה עם ישראל על סך של כ-40 מיליון דולר. יצוא לקרואטיה עמד על כ- 25 מיליון דולר (עליה של כ-10% משנת 2008), והיבוא עמד על כ- 15 מיליון דולר (עליה של כ 390% מאשתקד).
המוצרים המרכזיים המיוצאים מישראל לקרואטיה הם כימיקלים אורגניים (כ-25% מהייצוא),מכונות וציוד חשמלי (כ-15% מהייצוא), מוצרי ברזל ופלדה (כ-15% מהייצוא). המוצרים המרכזיים המיובאים מקרואטיה לישראל הם מכונות ומכשירים מכאניים (כ – 80% מהיבוא).