בביקורת שערכו בחברת האוטובוסים אפיקים, מפקחי היחידה למניעת זיהום אוויר מתחבורה במשרד להגנת הסביבה נמצא כי יש ברשות החברה 12 כלי רכב כבדים (אוטובוסים) מתקן יורו 2 וזאת בניגוד להוראות - ובכך תרמה החברה באופן שיטתי לזיהום האוויר באזורים מאוכלסים.
במועד הביקורת, החברה לא הכשירה את כל 800 נהגיה לנהיגה חסכונית, כנדרש בהוראות. נהיגה נכונה וחסכונית יכולה לחסוך עד 15% מפליטת הזיהום מהאוטובוסים.
בנוסף, למרות המצוין בהוראות, חברת אפיקים לא הגישה למשרד להגנת הסביבה בזמן את הדוח השנתי, הכולל מידע ונתונים מדויקים על מספר כלי הרכב שברשותה לפי תקן יורו, חישוב פליטת חלקיקים ממוצעת מכלל כלי הרכב בצי, סיכום של פניות הציבור שהתקבלו בנושא עשן, וסיכום נתונים בדבר ביצוע הכשרה לנהיגה חסכונית. בעקבות חוסר הדיווח, ניתנה לחברה ארכה להגשת הדוח אך למרות זאת, ולמרות ההתראות – החברה הגישה את הדוח באיחור של כשנה.
יתרה מכך, החברה לא העמידה לעיון הציבור את הדוחות השנתיים שלה ולא פרסמה אותם באתר האינטרנט שלה כמתחייב מההוראה. בשל כל הנסיבות, הטיל יצחק בן דוד, סמנכ"ל בכיר לפיקוח ואכיפה במשרד להגנת הסביבה את העיצום הכספי על החברה.
מהמשרד להגנת הסביבה נמסר כי המשרד ימשיך בפעולות האכיפה וישתמש בכל האמצעים העומדים לרשותו כדי לשמור על בריאות הציבור ועל הסביבה, ולמנוע מפגעים.