ב-2010 החליטה הממשלה להקצות תקציב לשיקום תשתיות ביישובים קטנים והחליטה כי לצורך כך, יוקצה סכום של כמיליארד שקל בשנים 2011-2020. ערב אישור תקציב המדינה המקוצץ לשנת 2013, כשבוטל תקציב התוכנית, גילתה לפתע "ישראל ביתנו" "רוח התנדבות" חסרת תקדים. שר החקלאות החדש אז, יאיר שמיר, הודיע לפקידי המשרד כי לאור החשיבות של הפרויקט, "ישראל ביתנו" תממן את המשך התוכנית בשנים 2013-2014, מכספיה, ותעביר למשרד החקלאות כ-50 מיליון שקל לצורך המשך התוכניות. החלק הארי מתקציבה של "ישראל ביתנו" ממומן בכספי ציבור, כספי מימון מפלגות וכספים קואליציוניים.
"גלובס" חושף כאן לראשונה, כי אחד מכיווני החקירה בפרשת השחיתות שהתפוצצה בשבוע שעבר, נוגע לשימוש בכספי "שיקום התשתיות" שתרמה מפלגת "ישראל ביתנו" למשרד החקלאות. החשד הוא שכספים שהבטיח רמי כהן, מנכ"ל המשרד, למועצות אזוריות וליישובים הכפריים, לצורך "שיקום תשתיות", חזרו - או היו אמורים לחזור - במסלול סיבובי לבכירי המפלגה.
פרויקט "שיקום התשתיות" נועד במקור ליישובים קטנים שיש בהם פחות מ-2,000 תושבים. בשנת 2013 תוקנה החלטת הממשלה כדי לאפשר מימון ניסיוני של שלושה יישובים גדולים של עד 5,000 תושבים. הפרויקט מנוהל ביד רמה בידי מנכ"ל משרד החקלאות, רמי כהן, והוא מתבצע כשהקלפים צמודים לחזהו של כהן, שאינו מאפשר פיקוח ובקרה ראויים של אנשי משרדו על העברות הכספים, השימוש בהם וכשרות הקריטריונים שנקבעו לקבלתם. הקריטריונים לסיוע במסגרת שיקום תשתיות כוללים מרכיב עיקרי של מדד סוציואקונומי של היישוב. על פניו, נראה כי חלק מהיישובים שזכו לסיוע אינם עומדים בקריטריון זה. גורם המקורב לחקירה אמר ל"גלובס" שבדיקת ההעברות הכספים במסגרת סעיף "שיקום התשתיות" נדרשת בשל חוסר השקיפות שנוקט משרד החקלאות בקשר להעברות ולהבטחות להעברות שניתנו ב-2013.
הנתונים לשנת 2013 על העברות תקציבים במסגרת סעיף "שיקום תשתיות" לא פורסמו, ואולם רשימה ראשונית וחלקית של התמיכות הגיעה לידי "גלובס". מבדיקת "גלובס" עולה כי ב-2012, עוד בטרם כניסת השר שמיר והמנכ"ל כהן למשרד החקלאות, נהנו כמה מהרשויות הקשורות לפרשה מתקציב זה. כך, ב-2012 הועברו בפועל מתקציב "שיקום התשתיות" 1.7 מיליון שקל לקיבוץ עין גדי, וסכום של 1.5 מיליון שקל למושב עין תמר. שני היישובים נמצאים בתחום השיפוט של המועצה האזורית תמר, כאשר ראש המועצה, דב ליטבינוף, שהינו חבר קיבוץ עין גדי, חשוד בפרשת השחיתות ומצוי במעצר.
עוד עולה מהבדיקה כי ההתנחלות תפוח שבתחום המועצה האזורית שומרון זכתה לתמיכה בסך של 2.5 מיליון שקל ב-2012 מתקציב "שיקום התשתיות". מן הרשימה החלקית ל-2013 עולה כי ההתנחלות הר ברכה, אף היא בתחום המועצה האזורית שומרון, זכתה לתמיכה של 2.1 מיליון שקל אשתקד. ראש המועצה האזורית שומרון ומי שהיה ראש החברה לפיתוח השומרון, גרשון מסיקה, חשוד אף הוא ועצור בפרשה. בדומה, בשנת 2012 זכו התנחלויות, מעלה לבונה ופסגות, שבתחומה של המועצה האזורית בנימין, לתקציב של 1.2 מיליון שקל ו-900 אלף שקל בהתאמה מתקציב זה. אפי פלס, גזבר המועצה האזורית מטה בנימין, עצור אף הוא בפרשה.
גם קיבוץ קלי"ה שבתחום המועצה האזורית מגילות זכה ב-2012 לתמיכה בסך 250 אלף שקל ממשרד החקלאות. מן הרשימה החלקית ל-2013 עולה כי קיבוץ קלי"ה זכה לתמיכה של 2.1 מיליון שקל נוספים אשתקד. ראש המועצה מגילות, מרדכי (מוצי) דהמן, וגזבר המועצה, דוד בלאו, עצורים בפרשה. עוד פורסם כי ארבעה מחברי קיבוץ קלי"ה נחקרו בפרשה.
ביצוע עבודות השיקום והפיתוח במסגרת פרויקט "שיקום תשתיות" ניתן באופן בלעדי לחטיבה להתיישבות. לידי "גלובס" הגיע מסמך "תוספת להסכם" בין החטיבה להתיישבות לבין משרד החקלאות, עליו חתומים כהן וגם עו"ד ירון בן-עזרא, מנכ"ל החטיבה להתיישבות, גם הוא איש "ישראל ביתנו", שייצג את המפלגה בוועדת הבחירות המרכזית בבחירות האחרונות. אגב, בשנים 2012 ו-2013 העבירה החטיבה להתיישבות כ-3 מיליון שקל בשנה לעמותת "איילים", שהיו"ר שלה חשוד אף הוא בפרשה השחיתות החדשה.
הנוהל שקבע משרד החקלאות בנוגע לקבלת תקציבים במסגרת "שיקום תשתיות", אינו מאפשר ליישובים עצמם להגיש בקשה לתמיכה, אלא באמצעות הרשות האזורית. ה"מסלול המעגלי" שבאמצעותו משיגים לכאורה תקציבים ליישובים במועצות אזוריות, מסביר אולי את התופעה הפוליטית המעניינת, שראשי מועצות אזוריות (חלקם חשודים בפרשה הנוכחית) החלו לגלות תמיכה ב"ישראל ביתנו" או אפילו הצטרפו למפלגה. במקביל, כך נודע ל"גלובס", מבקר המדינה בודק חשד, שהתקשרות שיזם כהן עם מכון הייצוא, יחד עם יועצו לשעבר, מהווה מעין צינור להזרמת כספים סיבובית.
ב-10 בדצמבר חשף משה ליכטמן ב"גלובס" כי המנכ"ל כהן חשוד שקיבל באמצעות חברה שבבעלות אשתו, בתיה, סכום של 98 אלף שקל מתוך סך של כמיליון שקל שתרמה מפלגת "ישראל ביתנו" ל"אקדמיה לכדורסל בנים" של איגוד הכדורסל. התרומה מומנה בכספי מימון מפלגות וכספים קואליציוניים - כספים שמקורם בציבור.
שניים מן העצורים בפרשת השחיתות, כהן וראש איגוד הכדורסל לשעבר, אבנר קופל, קשורים לחשדות שנחשפו ב"גלובס". ההערכות הן, שההחלטה לעבור לשלב הגלוי של החקירה, נעשו בין היתר, בגלל הפרסום ב"גלובס", שהביא ל"עליית מתח" בקרב החשודים בפרשה ולחשש שיושמדו ראיות.