חוק ביטוח בריאות ממלכתי מטיל על המוסד לביטוח לאומי תפקידים רבים אשר הופכים אותו לאחד הגופים המרכזיים האחראים לביצוע החוק. הפעילות העיקרית של המוסד במסגרת החוק מתמקדת בתחומים: גביית דמי ביטוח בריאות, חלוקת כספי הבריאות לקופות החולים וניהול קובץ המבוטחים בביטוח הבריאות.
בנובמבר 2014 הגיעה האוכלוסייה המבוטחת בקופות החולים לכ- 8.2 מיליון נפשות. כ-52.4% מהם היו מבוטחים בקופת חולים כללית, כ-25.0% בקופת חולים מכבי, כ-13.7% בקופת חולים מאוחדת וכ-8.9% בקופת חולים לאומית.
במסגרת העדכון השוטף של קובץ הבריאות, נרשמים גם המעברים שמבצעים חברי קופות החולים בין הקופות. על פי חוק ביטוח בריאות ממלכתי, מבוטח רשאי לבטל את חברותו בקופת החולים שבה הוא רשום ולהירשם כחבר בקופת חולים אחרת לפי בחירתו. ביולי 2009 נקבעו שישה מועדים אפשריים בכל שנה למעבר מקופת חולים אחת לאחרת (1 בינואר, 1 במארס, 1 במאי, 1 ביולי, 1 בספטמבר ו-1 בנובמבר).
כמו כן, נקבע כי תושב יהיה רשאי לבטל את חברותו בקופת חולים פעמיים במהלך 12 חודשים מיום שנרשם בקופה הקודמת החל ב-1 בינואר 2010. רישומים ומעברים יכולים להתבצע במקומות שונים כגון: דואר, אינטרנט, ביטוח לאומי, משרד הקליטה וכו’.
בשישה מועדי מעבר של שנת 2014, כ-136,580 מבוטחים עברו לקופה אחרת, שהם כ-1.7% מסך המבוטחים הרשומים בקופות. מדובר בעלייה של 11.7% במספר המעברים, לעומת השנה הקודמת. כמו כן, כ37% מבין המעברים, בממוצע שנתי, בוצעו באמצעות האינטרנט. העלייה בכמות העוברים קופות מוסברת באפשרות לעבור גם באמצעות האינטרנט.
הנתונים מעידים על הבדלים ניכרים בין הקופות. עקב המעברים, קופת חולים הכללית גדלה ב-2014 בכ-6,720 מבוטחים שהם כ-0.16% ממבוטחיה, לעומתה, קופת חולים מכבי הפסידה כ-1,120 מבוטחים, שהם כ-0.05% ממבוטחיה, קופת חולים לאומית הפסידה כ-1,190 מבוטחים, שהם כ-0.16% ממבוטחיה וקופת חולים מאוחדת הפסידה כ-4,410 מבוטחים, כ-0.39% ממבוטחיה.