מנכ"ל המשרד לחקלאות יוסי ישי חשף בועדה לביקורת המדינה כי לפני כחודשיים נחשף וירוס VNN בדגי הכנרת, הגורם לעיוורון הדגים, והבטיח כי בתוך שבוע תברר השפעתו על בריאות הדגים – וההשלכה אל איכות המים, המהווים 50% ממי השתייה של המדינה. הגילוי היה במסגרת דיון על הדיג באגם.
ח"כ שלמה מולה (קדימה) טען בדיון כי למרות הביקורת – רק ליקויים מעטים תוקנו, ואילו חברתו לסיעה מרינה סולודקין קראה לשקול להוציא את ענף הדיג מאחריות משרד החקלאות.
שרת החקלאות אורית נוקד אמרה לעומת-זאת כי רוב הליקויים תוקנו "אך מצב הדיג רחוק מלהיות אופטימלי ונוכל לשפרו רק אם כולם ישימו את האינטרסים האישיים בצד". המנכ"ל ישי הוסיף כי בגלל כשל בתפקודו הוחלט להעביר את מנהל אגף הדיג חיים אנג’וני, וכן כי יחידת הפיקוח על הדיג "כשלה מאד בתפקידה, פשוט לא עבדה, והיא תפורק ומטלותיה יועברו ליחידת הפיצו"ח, ואני מקווה שכל הצעדים יבריאו את הענף". לדבריו, השקיע המשרד בשנת 2011 3.5 מיליון ₪ במחקרי דיג וכן כי עיקר השיטור הימי באגם יעבור לאחריות רשות הטבע והגנים. לגבי עופות הקורמורנים, זוללי הדגים, אמר המנכ"ל כי הדרך היעילה והזולה ביותר לגרש אותם היא ממקומות הלינה שלהם בצמרות העצים, אך רשות הטבע והגנים מתנגדת לכך ומוכנה רק לפעולה מגובה המים.
ד"ר אורן סונין, מנהל תחום הדיג במשרד טען כי "המשרד והאגף מתייחסים לים כבן חורג, ע"י כוח-אדם מצומצם, מינימום אמצעים ותקציבים זניחים. לטענתו, "שנה שנה אני פונה למנכ"ל ומבקש תקציבים ואמצעים לבצע את עבודתי – ונענה בשלילה, וכשאני פונה החוצה אני מצויר כמקור הבעיה. אין מענה במחקרים שהמנכ"ל הציג. הליקויים שמוצגים כמתוקנים – אינם באמת מתוקנים". גם הפרופ’ משה גופן, המנהל לשעבר של המעבדה לחקר הכנרת הדגיש כי אין בסיס מדעי לדרישה המנכ"ל להשבית את הדיג בכנרת ומדובר בהחלטה מוטעית.
מנחם לב, דייג 33 שנה בכנרת, וחבר קיבוץ עין גב אמר בדיון כי "בכנרת אין בעיית דגים אלא בעיית ידע והתנהלות", והאשים את הנהלת משרד החקלאות כי כל תקציבי הדיג מופנים לבריכות שבקיבוצים - על חשבון דייגי הכנרת. פואד נאסר יו"ר ארגון הדייגים הוסיף כי מצב הדייגים ירוד בגלל התנהלות ענף הדיג ומשרד החקלאות.