לקראת שנת 2012 תיישם מלם שכר את ההסכם בין המדינה להסתדרות הרפואית שנחתם בחודש האחרון וכולל בין היתר, ולראשונה מאז ומעולם, את דיווחי הנוכחות של הרופאים. לשם כך ביצעה מלם שכר שורה של פיתוחים והתאמות במערכת הנוכחות אשר יאפשרו לקלוט את נתוני החתמות נתוני הנוכחות של הרופאים ולנתחם בהתאם לחוקיות שנקבעה בהסכם.
שעון הנוכחות הינו הפעימה השנייה של ההסכם עם ההסתדרות הרפואית. הפעימה הראשונה של ההסכם הכוללת עדכון טבלאות השכר, שינוי בתוספות המשולמות בבתי החולים השונים בפריפריה ושינוי באחוז התשלום בגין תורנויות הרופאים יושמה כבר באוגוסט 2011 על ידי מלם שכר.
יש לציין כי הודות למערכת המודולרית של מלם שכר, ניתן היה ליישם את ההסכם המורכב של הרופאים תוך עמידה בלוח הזמנים הקשיח לגביו התחייבו נציגי משרד הבריאות במסגרת ההסכם. מלם שכר הביאה לכלל מימוש בפרק הזמן הקצר שעמד לרשותה את כל ההחלטות שהתקבלו בהסכם, בין היתר: שינוי מתכונת הדיווח על שעות העבודה וקיצור שעות העבודה, ביצוע תורנויות ותורנויות ערב על ידי מומחים, הגדלת התגמולים, ניהול מספר תורנויות הרופאים המתמחים, ביצוע תוספות שכר ומענקים למקצועות במצוקה ועידוד עבודה בפריפריה.