נתונים שהוכנו על ידי מרכז המחקר והמידע של הכנסת: בישראל יש כ-1,000 רפתות הפזורות ברחבי הארץ מיוטבתה בדרום ועד לרמת הגולן בצפון. בשנים האחרונות יישמו משרדי החקלאות והאוצר רפורמה בענף במטרה לעמוד בתקני איכות סביבה, לרבות השקעה ממשלתית ניכרת וצמצום בכמות הרפתות (ירידה מ-1,250 בשנת 2001 לכ-1,000 כיום).
משק החלב בישראל מפוקח על-ידי מועצת החלב (בשמה המלא "המועצה לענף החלב בישראל (ייצור ושיווק)" אשר נרשמה כחברה בע"מ בנובמבר 1965), בהיקפי הייצור לכל רפת (מכסות ייצור) ובמחיר בו הרפתן מוכר את תוצרת החלב הגולמי למחלבות ("מחיר המטרה").
המדינות המפותחות מגנות על ענף החלב המקומי מטעמים של בטחון באספקת מזון ומטעמים תרבותיים של שמירה על אורח חיים כפרי. באירופה ההגנה נעשית בעיקר על-ידי משטר של מכסות ייצור המבוסס על סבסוד ישיר. שיטה זו עשויה להביא לרמת ייצור גבוהה יותר ולרמת מחירים נמוכה יותר, ביחס לישראל.
צריכת החלב ומוצריו לנפש בארץ עומדת על כ-180 ק"ג לנפש בשנה, נמוכה מהצריכה לנפש הממוצעת ב-27 מדינות האיחוד האירופאי העומדת על כ-290 ק"ג לנפש בשנה. הסיבה העיקרית להבדל בצריכה היא תרבותית (כמו שמירה על כשרות), אולם ייתכן שגם המחיר הגבוה יחסית בארץ משפיע על הצריכה הנמוכה.
תנובת החלב לפרה בישראל לשנה עומדת על 10,208 ק"ג והיא הגבוהה ביותר בעולם, גבוהה בשיעור של כ-66% לעומת תנובת החלב באירופה (6,139 ק"ג). מצד שני, עלויות הייצור בישראל גבוהות יותר בשל היעדר שטחי מרעה נרחבים (הקיימים באירופה) ועלויות שינוע המספוא.
בעוד מחיר המטרה ומחיר סל מוצרי חלב עלו משנת 2006 ועד למחצית 2011 בשיעור של כ-30%, הרי עלות המספוא לבקר עלתה בתקופה זו בשיעור של כ-62%.
מחיר המטרה נקבע על-פי עלויות ייצור החלב ומתעדכן מפעם לפעם, לרבות שכר עבודה, עלויות המזון ברפתות, פחת וריבית על השקעות, עלויות דלק ורווח ליצרנים, כמפורט בטבלה להלן (מקור: מועצת החלב).
מנתוני מועצת החלב עולה כי מחיר המטרה עומד כיום על 2.15 ש"ח לליטר, מתוך זה התמורה לרפתן (זקיפת שכר עבודה לבעלים) היא כ-20 אגורות לליטר. קיצוץ חד מדי במחיר המטרה עשוי אם-כן להביא רפתות רבות למצב של חוסר כדאיות כלכלית.
הניסיון מלמד כי פתיחת השווקים המקומיים ליבוא מביאה להגברת התחרות, לגידול במגוון ובאיכות המוצרים וליצירת יתרונות יחסיים לתעשייה הישראלית. אולם, כאמור לעיל, מדינות מפותחות רבות מגנות על ענף החקלאות המקומי באמצעות כלים שונים, לרבות הגבלות על היבוא.
פתיחה נרחבת מדי של שוק החלב המקומי ליבוא מאירופה (שם כאמור המוצרים מסובסדים) עשויה להביא לירידה ניכרת בהיקף הייצור של חלב גולמי בישראל.