ארגון המורים הגיש תביעה בגובה 6 מליון ₪ נגד הסתדרות המורים ונגד משרדי החינוך והאוצר (כנתבעים פורמליים). הארגון דורש לחלק בצורה הוגנת את הכספים המיועדים לקרנות הידע, הקרנות המיועדות להשתלמויות מורים בהתאם למספר החברים בכל ארגון. התביעה הוגשה לבית הדין הארצי לעבודה באמצעות עו"ד דרור גל ממשרד סטריקובסקי, גל, ברוך ושות’.
קרנות הידע של ארגון המורים והסתדרות המורים הוקמו לצורך ביצוע השתלמויות, מתן מלגות והעשרת הידע לעובדי ההוראה. על פי הסכם קיבוצי שנחתם בשנם 94 בין המדינה, מרכז השלטון המקומי, שלוש הערים הגדולות והסתדרות המורים, האוצר אמור היה להעביר מדי שנה 16 מליון ₪ לקידומם המקצועי של עובדי ההוראה, כאשר החלוקה היתה 75% מהכספים יעברו לקרן הידע של הסתדרות המורים ו-25% לקרן של ארגון המורים.
במשך השנים טענו בארגון המורים כי החלוקה שלא היתה מוסכמת עליהם אינה צודקת ואינה מתיישבת עם מספר החברים בכל ארגון. בארגון המורים טוענים כי באותה עת היו בארגון כשלושים וחמישה אלף חברים וכיום למעלה מארבעים אלף חברים פעילים, לעומת כשמונים אלף בהסתדרות המורים. מה עוד שתקציב הקרן אמור מלכתחילה להיות נגזרת משכר ולפיכך החלק לגבי חברי ארגון המורים גבוה יותר מזו של חברי ההסתדרות, גם על פי היקפי המשרות של החברים בארגון המורים וגם בשל רכיבי שכרם. בארגון המורים טוענים כי יחסי הכוחות אמורים היו להיות כ65% ו 35% אם סופרים מורים, ו- 40% מול 60% אם מחשבים את עלות השכר, נכון ל- 2005. כאשר הועלתה הטענה ע"י ארגון המורים, טענו משרדי האוצר והחינוך כי עליו למצוא פתרון עם הסתדרות המורים וכי המשרדים יקצו את הסכומים על פי הסכם זה.
ואכן, בספטמבר 2005 נחתם הסכם בין רן ארז, יו"ר ארגון המורים ובין יוסי וסרמן, מזכ"ל הסתדרות המורים ולפיו החלוקה בין הארגונים תהיה כך ש-70% מהכספים יועברו להסתדרות המורים ו – 30% לארגון המורים.
אולם, על פי כתב התביעה שהוגש ע"י עו"ד דרור גל ממשרד סטריקובסקי, גל, ברוך ושות’, הסתדרות המורים מעולם לא הורתה למשרדי הממשלה להעביר את הכספים על פי החלוקה שסוכמה והיא המשיכה לקבל את גם את 5% שאמורים לעבור לארגון המורים. המשמעות הכספית היא שהסתדרות המורים קיבלה מדי שנה מליון ₪ שלא הועברו לארגון המורים, ובסה"כ 6 מליון ₪ המיועדים, על פי ההסכם, להשתלמויות של חברי ארגון המורים. על פי כתב התביעה, למרות כל הדרישות, הסתדרות המורים מסרבת להעביר את הכספים עליהם התחייבה ולאחרונה אף הודיעה כי אין בכוונתה להעביר לתובע ולו אגורה אחת....
לדברי רן ארז, יו"ר ארגון המורים: "התביעה מדברת בעד עצמה. כתוצאה מהסכם שרירותי וחד צדדי בין האוצר להסתדרות המורים קופחו זכויות חברי ארגון המורים. כבר בשנת 2005 השתכנע יוסי וסרמן כי הגיעה העת לתקן את המעוות וחתם על הסכם לפיו יש לפצות את ארגון המורים. עד היום מר וסרמן אינו מבצע את ההתחייבות שהתחייב בשם הסתדרות המורים ובשמו , חרף ההסכם החתום והבטחות אותן מבטיח מעת לעת, תוך מתן תירוצים חסרי שחר. לאור זאת הוגשה התביעה כי הגענו למסקנה שאין לצפות ש מר וסרמן יעמוד בדברו ויבצע את ההתחייבות".