בתקופה האחרונה פועל משרד החקלאות יחד עם התאחדות חקלאי ישראל להשוואת את המענקים והטבות המס בין התעשייה והחקלאות, זאת על ידי תיקון החוק לעידוד השקעות ההון בחקלאות ולהתאימו לתעשייה. החוק אשר קיים משנת 1980, לא הותאם לרבות השנים וצפוי להסתיים בינואר 2017.
בהתאחדות חקלאי ישראל טוענים כי יש להשוות את הקריטריונים למתן עזרה בהשקעות לחקלאים הנמצאים באזורי עדיפות לאומית לאלה של התעשייה. "כזכור, מאז ומתמיד, היה קיים יתרון שהתעשייה קיבלה הטבות מס משמעותית יותר גדולות מענף החקלאות", אומרים בהתאחדות. "לצערנו, תוך כדי ההתנהלות, הודיע אגף התקציבים במשרד האוצר, שבכוונתו לבטל, החל מינואר 2017, את החוק כליל ובכך לפגוע גם במה שקיים".
לדבריהם, "המשמעות של הצעת האוצר היא כי המענקים והטבות המס ירדו משמעותית באזורי הפיתוח א’ ו- ב’ לעומת אלה של התעשייה. כלומר - באזורי הפיתוח א’ ההטבות צפויות לרדת מ- 25% ל- 20% ובאזור פיתוח ב’ מ- 20% ל- 10%. המשמעות של כוונת האוצר היא שמפעלים תעשייתיים ימשיכו לקבל הטבות מס ומענקים לעומת המפעלים החקלאיים כאשר ההשלכות ברורות – פגיעה חמורה בחקלאות ובייצוא החקלאי".
מזכ"ל תנועת המושבים ויו"ר התאחדות חקלאי ישראל, מאיר צור: "במקום שהמדינה תחזק את הפעילות החקלאית ואת הייצוא, היא גורמת להחלשתו. משמעות החלטת האוצר היא פגיעה חמורה בחקלאות ופגיעה בייצוא החקלאי שירד משמעותית בשנים האחרונות. אני קורא למשרד האוצר להתעשת ולהשוואת בין המענקים לחקלאות לבין המענקים לתעשייה, זאת למען חיזוק החקלאות ותרומתה לתעשייה ולכלכלה הישראלית".
מזכ"ל התאחדות חקלאי ישראל, אבשלום (אבו) וילן: "אני רואה בזה כפגיעה חמורה בחקלאות לעומת התעשייה והתיירות וקורא לאגף התקציבים להתחיל לפעול לפי נורמות ממשלתיות ראויות ולא לפי גחמות שבינן לבין מדיניות כלכלית אין דבר ושום דבר. נראה כי מישהו באגף התקציבים מתבלבל ומנסה להוציא גט כריתות לחקלאות הישראלית. אנו נעשה הכל כדי שהחוק ימשיך להתקיים בצורה הוגנת וראויה כפי שהיה קיים ב- 50 השנים האחרונות".