לאחר שנדחו עשרות ההסתייגויות שהוגשו על הצעת החוק, ועדת החוקה, חוק ומשפט של הכנסת אישרה לקריאה שניה ושלישית את הצעת חוק חובת גילוי לגבי מי שנתמך על ידי ישות מדינית זרה (הצעה המכונה "חוק העמותות").
הוועדה החליטה למזג את שלושת הצעות החוק, הצעת חוק שהוגשה מטעם הממשלה, הצעת החוק של ח"כ בצלאל סמוטריץ’ וכן הצעת החוק של ח"כ רוברט אילטוב.
עפ"י הצעת החוק, יחולו חובות דיווח לרשם העמותות על היות העמותה כזו שעיקר תקציבה מישויות מדיניות זרות, חובת פרסום של רשם העמותות ברשימה באתרו שתכלול את העמותות הנ"ל, וכן חובת ציון עובדה זו בפרסומים שונים של העמותה ובמכתבים שלה לנבחרי ציבור, או לעובדי ציבור. כשמדובר בדין וחשבון המפורסם על ידי העמותה לציבור, תהיה חובה גם לציין כי ניתן לראות את שמות הישויות המדיניות הזרות באתר האינטרנט של רשם העמותות.
הסנקציות שיוטלו על הפרת חובות אלה של העמותות יהיו הטלת קנס כספי בסך 29,200 ₪ על עמותות (בעבירה פלילית של אחריות קפידה) והשתת עיצום כספי על חברות לתועלת הציבור בסך-7,880 ₪. החוק יחול רק על תרומות שיתקבלו החל מתחילת השנה הבאה.
ח"כ חיים ילין אמר "אתם מביאים חוקים, בהעדר מנהיגות. שחקן הכדור-רגל מסי התפטר, ראש ממשלת בריטניה קמרון התפטר רק בישראל לא לוקחים אחריות על המעשים. ילין שאל "האם מדינת ישראל שתומכת בעמותה ומעבירה לה 21 מיליון דולר לארגון טרור טורקי, זה ישות זרה?."
ח"כ אלעזר שטרן אמר "אם זה היה תלוי בח"כ בצלאל סמוטריץ’, החוק היה מבחין בין תורמים ליהודים לערבים. אין בהצעת החוק הזו כלום, למעט אצבע משולשת בפנים שלנו. החוק ריק מתוכן חוקי."
ח"כ יעל גרמן אמרה "בהצעה יש רק שיימינג והוצאת שם רע לעמותות שמותחות ביקורת על עבודת הממשלה. לא מזמן אמר מישהו שיש במדינה שלנו ניצני פשיזם, זה מה שיש בחוק הזה, ניצני פשיזם לעמותות שפועלות לזכויות אדם." גרמן מתחה ביקורות על נציגי משרד המשפטים שתמכו בהצעת החוק ולדבריה היו חייבים להתנגד לה.
ח"כ מיכל רוזן אמרה "שקוף שזו רדיפה. זו הצעת חוק קטנה של אנשים קטנים שצריך להעיף מהכנסת את המחוקקים שמביאים חוקים כאלה הזויים."
ח"כ אוסמה סעדי אמר "יש אדם שתורם עשרות מיליונים לעמותת אמנה באמצעות חברה שרשומה בפנמה. אם בשקיפות עסקינן, ראוי שעמותה שמסתירה את כספה, תחשוף את מקורותיה. דווקא את השקופים רוצים לסמן."
ח"כ בני בגין טען כי "ראוי לפעול באמצעים דיפלומטיים. כך הוכח שבמשא ומתן מול הולנד בריטניה ושוויץ. לדבריו, הדרך שנבחרה, אינה יעילה ועלולה להביא לצעדים הפוכים ממה שמציעה יחלו לה. בגין טען כי הסתייגויותיו הוטמעו בהצעת החוק.
ח"כ רויטל סויד שאלה "מה נותר בחוק הזה? רק רווח פוליטי של מפלגות שמבקשות להראות לציבור שלהם, עשינו ותייגנו. לדבריה, אין בחוק הזה כלום.
ח"כ מיקי רוזנטל אמר "תכלית החוק, היא להכניס אצבע בעין, ולהגיד הנה עשינו לכם דווקא. בקלות ימצא הדרך לעקוף את החוק.
בתום ההצבעות אמר יו"ר הוועדה ח"כ ניסן סלומינסקי "החוק לא הסתתים כמו שהוא התחיל. בכל מקום שהיה ספק אם החוק יגרום לפגיעה, שיננו את הנוסח. סלומינסקי אמר לחברי האופוזיציה, גם אתם מודים שלא נשאר ממנו הרבה."
כאמור, ברוב של שבעה חברי כנסת מול התנגדותם של ששה, הוועדה דחתה את עשרות ההסתייגויות ואת הרביזיות שהוגשו על הצעת חוק, ואישרה את הצעת החוק להצבעה במליאת הכנסת לקריאה שניה ושלישית.