לאחר דיון בהתנגדויות, הועדה המחוזית מרכז החליטה לתת תוקף לתוכנית מע"ר יבנה המשתרעת על שטח של כ- 125 דונם במרכז העיר יבנה.
התוכנית תאפשר פיתוח של מרכז עסקים מודרני הכולל שימושים של מסחר ומשרדים (38,000 מ"ר) ומבני ציבור (13,900 מ"ר) לרבות בניין עירייה חדש (7000 מ"ר) וכן בנייני מגורים עד 22 קומות (363 יח"ד בצפיפות של 17 יח"ד לדונם ועוד 150 יחידות דיור מיוחד).
בשטח התוכנית קיים מבנה היסטורי לשימור של קבר רבן גמליאל שמצוי בשטח המיועד לגן ציבורי המוכר כגן הסנהדרין. התוכנית גם מתייחסת לפינוי ופיצוי של דיירי עמידר ששוכנו עם קום המדינה בבתים נטושים באזור ללא הסדרת מעמדם.
בין ההתנגדויות שהוגשו לתוכנית, הוגשה התנגדות של חברת "סביוני יבנה" שדרשה בין היתר להגדיל את זכויות הבניה שלה במסגרת התוכנית, עד לשיעור המוסכם בינה לבין רמ"י, ולבטל סעיפים שיגרמו לעיכוב בבניה עתידית כדי להקטין הנזק בהמשך העיכובים עד שניתן יהיה לבנות, וכן כי המגרשים לא ישמשו מעבר לכל שטחי החניה הציבורית במתחם.
"סביוני יבנה" זכתה בשנת 1998 במכרז של עיריית יבנה לפיתוח שטח של כ - 76 דונמים במרכז העיר וניסתה לקדם תוכנית למגורים. בעקבות התנהלות לקויה של העירייה ורמ"י שעכבה את פיתוח המתחם בניגוד להתחייבויותיה תבעה החברה באמצעות משרד עוה"ד שוב ושות’ את העירייה ובשנת 2004 נחתם הסכם פשרה ואושר כפסק דין.
בהסכם, שאותו הפרה עיריית יבנה, התחייבו העירייה, הוועדה המקומית והמינהל לקדם באופן מהיר תכנית מוסכמת שתאפשר לחברה לממש זכויותיה ולבנות 200 יחידות דיור למגורים במתחם המערבי במרכז העסקים העירוני ביבנה.
בעקבות הפרת ההסכם, הגישה החברה בשנת 2012 תביעה כספית בסכום של 40 מיליון ₪ נגד עירית יבנה, הוועדה המקומית, ומנהל מקרקעי ישראל, בטענה שהנתבעים הפרו הסכם, הפרו פסק דין, פגעו באופן רציף ומתמשך 8 שנים בזכות הקניין של התובעת וגרמו לה נזק ואובדן הכנסות מצטבר בשווי של עשרות מיליוני שקלים עקב העיכוב עד 2012 וטענה לגידול הנזק עד למתן אפשרות הבניה, חלק מההתנגדות של החברה התקבלה ובמסגרת החלטת הועדה המחוזית החברה תוכל להגדיל את מספר הקומות בבניינים אותם תבנה במסגרת התוכנית.
כמו כן בוטל החיוב כי בנייני המגורים להם זכאית סביוני יבנה ישמשו כמעבר לחניונים הציבוריים, אולם הועדה החליטה שלא לדון בסוגייה הקניינית.
עו"ד שמואל שוב ב"כ של חברת סביוני יבנה ציין בעקבות ההחלטה כי "אנו שמחים שהתוכנית אושרה לאחר כל כך הרבה שנים אולם התוכנית אינה זו שסוכמה בעבר, היא נחותה בהרבה. כמו כן, קיימות בה הוראות שלא יאפשרו זמינות, ובפועל החברה תדרוש שיפוי על כל נזקיה".